Le CIR est imputé sur l’IS.  Dans le cas où le montant du CIR dépasse celui de l'IS dû, la procédure de récupération diffère selon la taille de l'entreprise :

- Pour les ETI et grandes entreprises : Le montant excédentaire du CIR devient une créance sur l'État, qui peut être utilisée pour réduire les impôts futurs. Si cette créance n'est pas totalement utilisée, le reliquat est récupérable en espèces sous un délai de 3 ans.

- Pour les PME : Ces entreprises ont la possibilité de demander la restitution immédiate du montant excédentaire. Cela permet de percevoir rapidement le reliquat en liquidités, améliorant ainsi leur trésorerie.

Bien que les délais de traitement du remboursement du CIR puissent varier, l’administration fiscale vise à respecter un délai moyen de quatre mois. Ce délai, selon la réglementation, ne doit pas excéder six mois. Les entreprises peuvent ainsi s’attendre à recevoir leur remboursement dans cette fenêtre temporelle après la soumission de leur demande.

Pour les sociétés « non matures » sur le dispositif du CIR, nous préconisons un accompagnement avec une rémunération au succes fee (pourcentage des montants de CIR déclarés) Pour les sociétés ayant plusieurs années de déclaration CIR, nous proposons une rémunération mixte (forfait + succes fee).

Les montants déclarés dans le cadre du Crédit d'Impôt Recherche (CIR) peuvent faire l'objet d'un examen par l'administration fiscale. Cet examen peut se produire lors d'un contrôle fiscal, qui peut intervenir dans les trois années suivant l'année de déclaration du CIR. Cela signifie que l'administration dispose de trois ans pour vérifier la conformité des dépenses déclarées avec les critères d'éligibilité du CIR. Au-delà, il y a prescription.